Im Museumsgebäude wurde 1891 die Botanische Zentralstelle für die Deutschen Kolonien (BZDK) eröffnet. Diese Entscheidung wurde gemeinsam vom Auswärtigen Amt, Preußischen Kultusministerium und dem Botanischen Garten getroffen.
Ab diesem Moment wurden dann Pflanzen aus den Kolonien erforscht und Nutzpflanzen begutachtet, die der deutschen Wirtschaft neue Absatzmärkte verschaffen sollten. Außerdem wurde dem Berliner Publikum der Pflanzenreichtum aus den Kolonialgebieten präsentiert, um die Kolonialexpansion zu rechtfertigen. Das Ende der Kolonialzeit war auch das Ende des Botanischen Zentralstelle: Denn mit der im Versailler Vertrag verhandelten Abgabe der Kolonien des Deutschen Reiches, wurde auch die Zentralstelle geschlossen.
Zitate in der Hörstation von: Adolf Engler (ehemaliger Leiter des Botanischen Gartens und Museums und der BZDK), historischer Zeitungsartikel, Katja Kaiser (Historikerin mit den Schwerpunkten Kolonialgeschichte, Museums- und Sammlungsgeschichte sowie Gender Studies)
